המפתח לתיקון זיהום מכונות אריזת הברגים הוא שלושה כיוונים, האחד הוא בקרת שורשים, השני הוא הגנת בטיחות מפני התפשטות הזיהום; השלישית היא איסוף, רזולוציה ומיחזור של מזהמי אוויר.
השיטה הנפוצה לטיפול בזיהום במהלך הניקוי, כלומר, הניקוי היא גם הרבה שיטות, תלוי בשיטת הניקוי הספציפית של מכונת האריזה האוטומטית והציוד, כמו למשל שימוש בניקוי דחיסת אוויר, על מנת למנוע את העשן מתנועע לבית חדש ניתן לבחור מספר רב של שימושים תעשייתיים בניקוי שואב אבק; יש לנקות את המיקום של מכונות אריזה אוטומטיות וציוד בהתאם לשפשוף. על פי ציוד מכונות האריזה האוטומטיות השונות, כלים מיוחדים לשטיפה יכולים להפוך לבד כותנה טהור, חוט כותנה טהור, מנורות נייר רכות; לחלקם חייבים להיות ממסים משתפים פעולה זה עם זה בשפשוף, חלקם עשויים שלא להשתמש בתמיסה מימית כימית אורגנית; חלקם חייבים לנקות עם בנזין, חלקם צריכים להיות מוברשים בשיער נחושת, וחלקם צריכים להיות מגרדים ביריעות מתכת.
